زیرا قایتبای از این حادثه باخبر شد نماینده خویش را بنام امیر سنقر جمالی یار و همدم با معماران و آلات و اسباب ساختمانی و دارایی کافی به سوی مدینه بسیج نمود و دستور داد که در تجدید بنای مسجد از هیچ دستور و هزینه ای کوتاهی نورزند . پاد شاه اشرف قایتبای که در سالهای 872/901 قمری بر قلمروی ممالیک، حکمروایی مسجد بابا قدرت مشهد می کرده، دراین راه به حدی نیروی کار و مدرس شغل و وسایل و مصالح ساختمانی ارسال داشته بود که مورخان به تفاوت از وصف آن حکایات، ارقام عجیبی را نقل کرده اند ...
درین تجدید بنا مناره رئیسه را مرمت کردند و دیوارهای مسجد را از محور تجدید بنا ، محراب عثمانی را توسعه بخشیدند، ردیف ها را احیاء کردند و سقف ها را به استحکام برافراشتند و گنبدی برفراز محراب عثمان سازه نمودند و از محیط با سه گنبد دیگر که به مجارید مشهور بودند ، زینت و استحکام بخشیدند. دو گنبد در مدخل باب السلام مسجد بابا غدیر مشهد برپا شد و نماسازی مسجد به نحوی کامل شکل به عهده گرفت و آنچه که از کتاب ها و مصاحف سوخته بود از مرزو بوم های اسلامی جمع و وقف دوباره مسجد کردند. این اهتمام به محدوده بنای مسجد محصور خلا، اطراف مسجد را با تأسیس رباط ، مکتب ، آشپزخانه و راه سازی ، رونق داد . موقوفات متعددی تصویب و ضبط شوید و با ارایه تجهیزات شهری و کنسل زیر میزی مالیات به رفاه در حال حاضر اهل مدینه سعی گماشتند. این تعمیرات در سال 888 قمری به انتها رسید. و پادشاه قایتبای خویش در سال 889 قمری به زیارت و دیدار سازه عازم مدینه شوید . کتاب های ذی قیمتی را در موضوعات متفاوت علم ها مسجد غدیر فلاحی مشهد اسلامی با خویش آورد تا نثار کتابخانه مسجدالنبی (صلی الله علیه و آله و سلم) نماید و از خیرات و مبرات ، همتی تعالی از خویش آرم بخشید .
سمهودی که خویش در همین روز ها در مدینه بسر می برده ، می نویسد: « طبق نظریات کارشناسان ، فرمانروا مسجد غدیر باباعلی ارشاد مشهد قایتبای درین کارها بیش تر از یکصد و بیست هزار دینار پرداخت کرده بود » .
امامزاده سید کمال الدین سین